Luter dążył przede wszystkim do reformy Kościoła. Uważał, że chrześcijaństwo powinno opierać się na swoich źródłach czyli na Starym i Nowym Testamencie, dlatego przetłumaczył te księgi na niemiecki, a to zainicjowało kolejne tłumaczenia na języki narodowe. Znaczenie, jakie Luter nadawał Biblii, zbliżyło go do wyznawców judaizmu. W 1523 roku ukazała się jego praca Dass Jesus ein geborener Jude sei (Jezus z urodzenia był Żydem). Luter liczył na poparcie jego ruchu przez wyznawców judaizmu i masowe konwersje. Jego nadzieje nie ziściły się. Pod koniec życia głosił poglądy wręcz antyżydowskie. 

Większość zwolenników ruchu reformacyjnego wywodząca się z mieszczaństwa, z niechęcią odnosiła się do Żydów, stanowiących dużą konkurencję dla kupców i rzemieślników chrześcijańskich. Rozwój ruchu reformacyjnego, sformułowanie obowiązujących zasad i dogmatów miało jednak ważny wpływ na zmianę stosunku do wyznawców judaizmu.

Szczególną rolę odegrały poglądy na Eucharystię, to znaczy odrzucenie przeistoczenia a co za tym idzie kultu konsekrowanej hostii. Dlatego też protestanci wyśmiewali antyżydowskie oskarżenia o rzekome profanowanie hostii. W Polsce natomiast, posądzano niekiedy Żydów i protestantów – nazywanych heretykami, że wspólnie dokonują aktów zbezczeszczenia Najświętszego Sakramentu występując tym samym przeciwko Chrystusowi i Kościołowi katolickiemu. Cuda towarzyszące tym zdarzeniom miały potwierdzać katolicki dogmat o rzeczywistej obecności ciała i krwi Chrystusa w konsekrowanym komunikancie.

Wątek ten porusza między innymi prezentowana obecnie w Muzeum POLIN wystawa "Krew. Łączy i dzieli".

Temat reformacji pojawia się na wystawie stałej naszego muzeum, w Galerii Paradisus Iudaeorum (G3), gdzie ukazywana jest panująca w Polsce tolerancja religijna. Jej wyrazem było uchwalenie konfederacji warszawskiej z 1573, która deklarowała równość wyznań chrześcijańskich. Prześladowane grupy religijne z całej Europy, zwłaszcza przedstawiciele radykalnych odłamów protestantyzmu, przybywały do Rzeczypospolitej w poszukiwaniu "bezpiecznej przystani". Chociaż konfederacja warszawska nie położyła kresu konfliktom na tle religijnym, to jednak Rzeczpospolita była państwem o stosunkowo wyższym poziomie tolerancji niż wiele państw Europy Zachodniej, w których w XVI i na początku XVII wieku trwały krwawe wojny religijne. Na rewersie panelu prezentujemy postać Karaima Izaaka ben Abraham z Trok. W swoich pismach występował z pozycji obrońcy judaizmu przed chrześcijańskimi krytykami.